მატაგალპაში, ისევე, როგორც ხინოტეგაში[[ხინოტეგა]]ში, მუდმივი გახაფხუილი დგას. ზღვის დონიდან 700 მეტრ სიმაღლეზე მდებარე ქალაქში საშუალო ტემპერატურა არის 26 °C - 28 °C, ხოლო შეფარდებითი ნესტიანობა 75%-85%-მდე მერყეობს. ნალექების წლიური რაოდენობა არის 1200-1900 მმ.