სავანაროლა მისმა ამგვარმა ქმედებებმა რომის პაპ [[ალექსანდრე VI]]-თან დააპირისპირა. პაპიც, ისევე როგორც ყველა სხვა იტალიელი მთავარი პრო-ფრანგული პოლიტიკის გამტარებელი იყო (რადგანაც ისინი დაშინებულები იყვნენ), გარდა ფლორენციისა, რომელიც უკვე ჯიროლამოს მმართველობაში იყო. პიერო მედიჩი თავის ცოლ-შვილთან ერთად 1494 წელს გაიქცა ფლორენციიდან, რის შემდეგაც ქალაქქალაქს სავონაროლა მართავდა. [[შარლ VIII]] არაერთხელ დაემუქრა ჯიროლამოს ფლორენციაში შეჭრით, თუმცა იგი მაინც განაგრძობდა ხალხის ფრანგების წინააღმდეგ ამხედრებას. ამავდროულად, იგი საჯაროდ ალაპარაკდა ვატიკანში არსებულ აღვირახსნილობაზე, ინცესტზე, პაპის რომანებზე, ძალადობაზე, კორუფციასა და ა.შ. ყოველივე ამან განარისხა ალექსანდრე VI და მან ჯიროლამოს თავისი უკანონო ვაჟი, [[ჩეზარე ბორჯია]] გაუგზავნა, რომელსაც მისი რომში ჩაყვანა ჰქონდა დავალებული. პაპმა მოითხოვა, რომ ჯიროლამო რომში ჩასულიყო და ინკვიზიციის წინაშე თავი დაეცვა. სავანაროლამ უარი განუცხადა პაპს ჩასვლაზე და „ბოდიშიც“ შეუთვალა, რადგან თავისი გაუარესებული ჯანმრთელობის გამო ვერ ახერხებდა ამას. ამას ძალიან მწვავე შედეგი მოჰყვა — პაპმა მას ქადაგების ჩატარება აუკრძალა და ფლორენცია კვლავ ლომბარდიის არქისაეპისკოპოს დაუქვემდებარა.
