მექსიკური შიშველი ძაღლის ჯიშის წარმოშობის განსაზღვრისთვის მიტოქონდრიული დნმ გამოიყენეს. ამ ჯიშისთვის დამახასიათებელი დნმ-ისთანმიმდევრობა იმაზე მიუთითებს, რომ მექსიკური შიშველი ძაღლი ძველი სამყაროს ძაღლების ჯიშს მიეკუთვნება, რომლებიც ახალი სამყაროს ჯიშებთან არ შეჯვარებულან. [[ამერიკის მეძაღლეთა კლუბი|ამერიკის მეძაღლეთა]] კლუბის განცხადებით, მექსიკური შიშველი ძაღლის წინაპარი [[ჩინური ქოჩორა ძაღლი]]ა, თუმცა გენეტიკურმა კვლევებმა ამ ორ ჯიშს შორის ახლო გენეტიკური კავშირები ვერ გამოავლინა.<ref>C. Vilà, J.E. Maldonado, and R.K. Wayne. [http://jhered.oxfordjournals.org/content/90/1/71.full.pdf Phylogenetic relationships, evolution, and genetic diversity of the domestic dog]. Journal of Heredity (1999) 90(1): 71-77. doi:10.1093/jhered/90.1.71</ref>
[[2018]] წელს [[უჯრედის ბირთიბირთვი|უჯრედის ბირთვების]] ანალიზმა დაადგინა, რომ მექსიკური შიშველი ძაღლი ჩრდილოეთ ამერიკაში ციმბირიდან გადავიდა ადამიანთა მიგრაციიდან 4500 წლის შემდედ. შემდეგი 9000 წლის მანძილზე იზოლირებულნი იყვნენ, ხოლო ევროპელებთან დაკავშირების შემდეგ ისინი ევრაზიულმა ძაღლებმა ჩაანაცვლეს.<ref>{{cite journal|doi=10.1126/science.aao4776|pmid=29976825|title=The evolutionary history of dogs in the Americas|journal=Science|volume=361|issue=6397|pages=81–85|year=2018|last1=Ní Leathlobhair|first1=Máire|last2=Perri|first2=Angela R|last3=Irving-Pease|first3=Evan K|last4=Witt|first4=Kelsey E|last5=Linderholm|first5=Anna|last6=Haile|first6=James|last7=Lebrasseur|first7=Ophelie|last8=Ameen|first8=Carly|last9=Blick|first9=Jeffrey|last10=Boyko|first10=Adam R|last11=Brace|first11=Selina|last12=Cortes|first12=Yahaira Nunes|last13=Crockford|first13=Susan J|last14=Devault|first14=Alison|last15=Dimopoulos|first15=Evangelos A|last16=Eldridge|first16=Morley|last17=Enk|first17=Jacob|last18=Gopalakrishnan|first18=Shyam|last19=Gori|first19=Kevin|last20=Grimes|first20=Vaughan|last21=Guiry|first21=Eric|last22=Hansen|first22=Anders J|last23=Hulme-Beaman|first23=Ardern|last24=Johnson|first24=John|last25=Kitchen|first25=Andrew|last26=Kasparov|first26=Aleksei K|last27=Kwon|first27=Young-Mi|last28=Nikolskiy|first28=Pavel A|last29=Lope|first29=Carlos Peraza|last30=Manin|first30=Aurélie|displayauthors=29}}</ref>
