გვიანფეოდალურ ხანაში აჭარა ორ ძირითად ნაწილად იყოფოდა: [[ზემო აჭარა|ზემო (მაღალმთიანი) აჭარა]] და ქვემო (ზღვისპირა) აჭარა, მის ცენტრალურ ნაწილს კი [[შუახევი]] წარმოადგენდა.
XVI საუკუნის 70-იანშუა წლებში [[ოსმალეთის იმპერია|ოსმალეთმა]]მ სხვა ქართულ ტერიტორიებთან ერთად აჭარაც დაიპყო. აქ ზემო და ქვემო აჭარის სანჯაყები დააარსეს და ახალციხის(ჩილდირის) ვილაიეთს შეუერთეს. XVIIაჭარელმა საუკუნისფეოდალებმა მეორეოსმალეთის ნახევარშისუზერენობა აღიარეს.<ref>''შაშიკაძე ზ''. „ორი მნიშვნელოვანი დოკუმენტი XVI საუკუნის აჭარის ფეოდალებმაისტორიიდან“ გვ. 151-152 — ბსუ კრებული ტ III ბათუმი 2002</ref> თავდაპირველად აჭარა [[სპერი]]ს ისლამიმმართველებს მიიღესემორჩილებოდა, გლეხობა1563 წელს ადგილობრივი ფეოდალების მიერ ისლამის მიღების შემდეგ კი კვლავდამოუკიდებელ ქრისტიანობასსანჯაყად ჩამოყალიბდა. XVII-XVIII საუკუნეებში აჭარა ადმინისტრაციულად შედიოდა ხან ისპირის სანჯაყში, ხან ჩილდირის, ყარსის თუ გურჯისტანის ვილაიეთში.
აჭარის გლეხობა ინარჩუნებდა ქრისტიანობას. ქრისტიანობა აჭარაში XVIII საუკუნის მიწურულამდე შემორჩა. ოსმალეთის ბატონომისბატონყმობის ხანაში ზემო აჭარის [[სანჯაყ-ბეი|სანჯაყ-ბეგები]] იყვნენ [[ხიმშიაშვილები]], რომლებიც გარეგნულად [[სულთანი|სულთნის]] მორჩილები იყვნენ, თუმცა გარკვეული პერიოდის განმავლობაში ინარჩუნებდნენ [[ავტონომიური რესპუბლიკა|ავტონომიას]] და ფაქტობრივად დამოუკიდებლად განაგებდნენ მათზე დაქვემდებარებულ მხარეს. აჭარაში ოსმალეთის მმართველობა ნომინალური იყო: მოსახლეობა არ იხდიდა ოსმალურ გადასახადებს, არ გადიოდა რეგულარულ სამხედრო სამსახურს, მხოლოდ ომის დროს გამოჰყავდათ მოლაშქრეები, შენარჩუნებული იყო მიწათმფლობელობის ძველი ქართული ფორმები.
