"ადგილობრივი თვითმმართველობის შესახებ" საქართველოს ორგანული კანონის თანახმად დუშეთის მუნიციპალიტეტს ჰყავს ადგილობრივი თვითმმართველობის წარმომადგენლობითი და აღმასრულებელი ორგანოები, აქვს საკუთარი ქონება, შემოსულობები, ბიუჯეტი, ადმინისტრაციული ცენტრი და არის დამოუკიდებელი საჯარო სამართლის იურიდიული პირი.
დუშეთის მუნიციპალიტეტის წარმომადგენლობითი ორგანო არის დუშეთის მუნიციპალიტეტის საკრებულო, რომელიც შედგება 10 პროპორციული წესით არჩეული და 18 ერთმანდატიან საარჩევნო ოლქში არჩეული მაჟორიტარი დეპუტატებისაგან.
აღმასრულებელი ორგანოა დუშეთის მუნიციპალიტეტის გამგეობა. გამგეობა შედგება სტრუქტურული ერთეულებისაგან (გამგეობის სამსახურები) და ტერიტორიული ერთეულებისაგან.
ტერიტორიული ორგანოები განთავსებულია ქალაქ დუშეთში და 17 თემში (დასახლებათა გაერთიანებაში).
ტერიტორიული ორგანოს ხელმძღვანელი არის თვითმმართველი ერთეულის რწმუნებული, რომელსაც „საჯარო სამსახურის შესახებ“ საქართველოს კანონით დადგენილი წესით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს გამგებელი.
