სომალიში უმაღლესი განათლება დღეისათვის ძირითადად კერძოა. ქვეყნის რამდენიმე [[უნივერსიტეტი]], [[მოგადიშოს უნივერსიტეტი]]ს ჩათვლით, შედიოდა აფრიკის 100 საუკეთესო უნივერსიტეტებს შორის.<ref name="Somtroap"/> სხვა უნივერსიტეტებში, რომლებიც მდებარეობენ სომალის თითქმის ყველა რეგიონში, ასევე შესაძლებელია უმაღლესი განათლების მიღება.
[[მედრესე]] სკოლები (ასევეაგრეთვე ცნობილი, როგორც dugsi quran ან mal'aamad quran) სომალიში რჩება ტრადიციული რელიგიური სწავლების ძირითად სისტემად. ისინი ბავშვებისათვის უზრუნველყოფენ ისლამური განათლების მიღებას, ამასთან ავსებენ მკაფიო რელიგიურ და სოციალურ როლს ქვეყანაში. ასევე ცნობილია განათლების ყველაზე უფრო სტაბილური ადგილობრივი, არაფორმალური სისტემა, რომელიც უზრუნველყოფს ძირითად რელიგიურ-მორალურ პირობებს. მისი ძალა ეყრდნობა საზოგადოების მხარდაჭერას და ადგილობრივი ფართედ მიღებული სასწავლო მასალების გამოყენებას. ყურანის სისტემა, რომელსაც სწავლობს სტუდენტების ყველაზე უფრო მეტი რაოდენობა სხვა საგანმანათლებლო სუბ სექტორებთან შედარებით, ხშირად ერთადერთი მისაღები სისტემაა, მომთაბარე სომალელებისათვის ქალაქის რაიონებთან შედარებით. 1993 წელს ჩატარებულმა გამოკვლევებმა აჩვენა, რომ მედრესეს სკოლების მოსწავლეთა დაახლოებით 40 %-ს შეადგენდნენ გოგონები. რელიგიური სწავლების ორგანიზებაში ნაკლოვანებების აღმოსაფხვრელად, სომალის ხელისუფლებამ შემდგომში თავის მხრივ ასევე შექმნა სამინისტრო ისლამის საქმეების შესახებ, რისი მეშვეობითაც რეგულირდება მედრესეს სკოლებში სწავლება.<ref>{{cite web|url=http://www.pitt.edu/~ginie/somalia/pdf/koran.pdf|title=Koranic School Project|format=PDF|accessdate=27 June 2010}}</ref>
